Структура Аудиторської палати України:

1) Комісія з сертифікації та вдосконалення професійних знань аудиторів АПУ.
При комісії:
експертна Рада з методологічного забезпечення сертифікації;
експертна Рада з методологічного забезпечення вдосконалення професійних знань аудиторів;
постійна робоча група з розробки контрольних тестів та екзаменаційних завдань.

2) Комісія АПУ з стандартів аудиту та контролю якості.
При комісії:
рада з методології аудиторської діяльності;
рада з методології контролю якості;
постійна робоча група з перекладу Міжнародних стандартів аудиту;
постійна робоча група з контролю практики аудиту.

3) Дисціплінарна комісія АПУ.
При комісії:
постійна робоча група з питань регулювання взаємовідносин між аудиторами (аудиторськими фірмами) в процесі здійснення аудиторської діяльності.

4) Комісія з питань законодавства, правового регулювання та інформаційної підтримки аудиторської діяльності, з професійних національних та міжнародних зв'язків АПУ.
При комісії:
постійна робоча група з підтримки інформаційних ресурсів аудиту (розробка веб-сайту, розміщення інформації про АПУ та з інших питань аудиторської діяльності в інформаційних виданнях);
постійна робоча група з організації обміну досвідом з іноземними аудиторськими організаціями та участі в міжнародних аудиторських форумах.